金针菇丛枯病的病原菌是多型枝葡萄孢霉。属半知菌纲、丝孢目、丛梗孢科、枝葡萄孢属。丛枯病是金针菇子实体主要病害之一。金针菇子实体被感染后，幼小的金针菇被灰白色的病菌菌丝包裹起来，随着子实体的生长逐渐变成褐色，最后停止生长并枯死。菇棚内高温高湿的环境容易发生。