金针菇基腐病又叫根腐病，该病多发生在生料栽培的金针菇上，在熟料栽培及瓶栽中发生也较普遍，危害较严重。
防治方法：
（1）在配制培养料时，严格控制含水量，在子实体生长阶段，避免菇床上长时间积水。
（2）搞好菇房环境卫生，适时通风透气，控制空气相对湿度不超过95%。
（3）发现有病菇，及时清除，后喷洒1：500倍的25%多菌灵或1：800倍的70%甲基托布津，或1：500倍的65%代森锌。常用药剂：多菌灵、甲基托布津、代森锌。