消灭覆土材料中的病原菌与害虫，是减少食用菌发生病虫害的一道关口。覆土前必须对覆土材料进行消毒处理，覆土材料安全的消毒处理方法有以下3种： (1)日光曝晒法。在7~8月份，将覆土材料置于强太阳光下曝晒2~3天。 (2)调节pH值法。覆土材料适宜的pH值为7.6左右，食用菌菌丝在生长过程中会分泌出酸性物质，使覆土层的pH值降低。若加入一定量的石灰提高覆土材料的pH值，可抑制覆土材料中杂菌的生长。因此，在制作覆土材料时或覆土材料上床前，应在发酵土和细泥砻糠中分别拌入1%石灰粉。 (3)甲醛消毒法。在覆土前7~10天，将甲醛稀释50倍后喷在覆土材料上，然后用塑料薄膜覆盖24小时。揭开薄膜待甲醛气味全部散尽(一般过5~6天)，才可用于食用菌栽培。一般每栽培111平方米食用菌的覆土材料，需用甲醛2.5千克。（来源：山东泽海菌业）