金针菇栽培过程中，根霉是一种常见的杂菌，常见的根霉为黑根霉(Rhizopus nigricans)。培养料上侵染根霉后，形成网状菌丝体，并产生黑色点状分生孢子，与金针菇竞争养料，造成减产。
根霉的发生条件：
自然条件下，生长在土壤、动物粪便和各种有机物上。孢子通过空气传播。 防治方法： 第一、培养料要求新鲜、干燥。消毒要彻底，杀灭培养料中的根霉孢子。 第二、接种时，接种环境要彻底消毒，防止接种工具沾上生水。 第三、培养菌种期间，加强通风换气，保持培养室内干燥。
第四、出现根霉侵染后，及时将培养料挖出混入新鲜培养料中灭菌再利用。