黑皮鸡枞菌的采收，原则上是越嫩越好，也就是黑皮鸡枞菌刚刚出土至伞缘与菇柄成45度角的时候是最佳，而以伞缘平直之前为其最低标准。如果菇伞平直，或者是翻转菇，那么就代表已经是过老，甚至是口感较差了。黑皮鸡枞菌的采摘，最好是每天清晨，如过了中午之后，往往因气温过高而致菇体很快腐烂。采收时手指拿牢菌柄下部轻轻往上拨起，采摘时要防止菌柄断裂，注意保护好小菌蕾。新鲜黑皮鸡枞菌采收后，将其假根一一切除，并削净菇柄基部的附土，然后放入塑胶袋或保鲜盒，置于12℃之储存库中，可保存良好之鲜度达一周以上。