羊肚菌幼菇的保育关系到最终的产量和质量。羊肚菌的原基完成分化发育形成幼菇，菇帽和菇柄已明显分化，大小已生长到3cm左右的小（幼）菇阶段。此时的幼菇虽然对外界环境还较为敏感，但是抗性明显增强。 适合幼菇的生长发育条件为：温度10-22℃；空气相对湿度85%-95%，土壤含水量30%-55%；通风，空气流动速度20-40cm/min。 幼菇保育的方法：如若搭建小拱棚的，及时撤掉薄膜。通过棉被的升降将棚正中位置、离地1m的气温控制在5-22℃；通过向过道或空中使用微喷将空气湿度保持在75%-90%；白天给予一定的散射光照射（800 Lx左右）；白天温度高时进行小通风（通风不能通底风，以免冷风直吹幼菇），每天3-4次，每次30-40min。