平菇畸形病属于生理性病害，在通气不良、二氧碳浓度大或光照不足的情况下发生，子实体分化后发育不良，常出现菇脚长、菌盖小甚至无菌盖，或出现“V”形菇，其次也有病毒引起的畸形，其菌柄肿胀呈近球形烧瓶形，最后菇体萎缩，呈海绵状，菇体死亡。
防治方法：
1. 改善菇房的通风条件，降低二氧化碳的浓度。
2. 少用农药。
3. 控制室内的空气相对湿度不超过90%。
4. 增加散射光强度，加大昼夜温差。