灵芝病害主要是青霉菌、褐腐病等，大多发生在老基地和夏季。老基地病原多，夏季高温高湿、田间排水不畅，极易发生病害。主要以预防为主，要严格按照技术要求规范操作，做到及早发现、及早预防，将病害控制在初始阶段。生产中，在做好高温灭菌、接种消毒、科学养菌的前提下，大田栽培脱袋时要注意查看菌棒是否感染杂菌，若发现感染杂菌，应及时用专用药剂普遍防治1次，对个别染病较重的菌棒应立即深埋或烧毁。菌棒栽植后要随时清沟排水，科学遮阴降温，及时通风排湿。在栽培管理过程中发现病害时，对霉变菌棒要随时清除深埋或焚烧，在棒穴内撒石灰粉进行消毒。 灵芝虫害主要有线虫、螨类、叶甲科害虫等，提倡采用人工物理方法防治。在统筹人工捕杀、石灰消毒灭杀菌类等病害的同时，用杀虫灯、药剂诱杀害虫。