金针菇黑头病病害发病的内因是品种的不抗病性，外因是高温、高湿或喷洒不干净的水把细菌带到子实体上，如菌盖表面长时间有水滴或湿度过大极有利于该病害的发生，通风不畅能加剧病害的发展，中温条件适合发病。
1、保持菇场清洁卫生，及时清除病菇和废料；菇房、床架、用具等用前要用消毒液或护树大将军彻底消毒，尤其是原发病害较重的菇棚。
2、金针菇栽培时培养料应彻底灭菌，蘑菇和平菇栽培时培养料应充分发酵，腐熟均匀，覆土材料用甲醛熏蒸消毒即可。
3、金针菇出菇期控制出菇室温度在15°以下，避开高温、高湿季节出菇，高温时加强通风散热，平菇出菇期温度不要超过18°，如果气温突然升高，要采取降温措施，如开窗、揭膜、遮阴等，但要注意菇房内温度波动不能过大，防止水汽凝结，产生水膜。
4、发现病菇要及时择除，并立即加大通风量，暂停或减少喷水，迅速降低温度，并用药控制病害程度，如可向料面喷洒新高脂膜配合针对性杀菌剂，间隔3-4天再次用药，连续用3次以上，能有效控制病害蔓延。发病严重时，应先清除病菇，清理料面或覆土后再按上述方法喷药。
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